前列腺痛的确切病因尚未完全明确，目前认为主要与以下因素有关：首先是盆底肌肉功能紊乱，长期的不良姿势或久坐会导致盆底肌紧张，压迫前列腺及周围神经。其次是精神心理因素，焦虑、抑郁等情绪问题可能通过神经内分泌途径影响前列腺区域。

感染因素也可能参与其中，虽然前列腺液检查可能显示正常，但局部可能存在低度感染。此外，免疫功能异常、不良生活习惯（如憋尿、饮酒、辛辣饮食）等都可能诱发或加重症状。值得注意的是，约30%的前列腺痛患者找不到明确病因，这更凸显了综合治疗的重要性。